כל נאשם נשבע לפני שענה. זה היה טקס שגרתי: נשבעים באלוהים ועל צלב.
ב-9 באוגוסט 1688, בדיון שבו הוקראו לו האשמות, רפאל ואלס סירב. המזכיר רשם זאת במדויק: הוא ענה "לאחר שנשבע באלוהי ישראל ובתורת משה (ולא רצה להישבע באלוהים ובצלב)". בפני האינקוויזיטורים, בלי היסוס, אמר מי הוא.
ואלס היה האיש שאליו פנתה קהילת רחוב סאז'ל בענייני אמונה, ומי שארגן את הספינה לבריחה. אשתו, איסבל בונין, ושלושת בניהם נשפטו יחד איתו. הבן הבכור, רפאל חואקים, הוצג עם חבל על צווארו ונידון למאתיים מלקות ושבע שנים על ספינות החתירה.
ב-6 במאי 1691 היה רפאל ואלס אחד משלושה שסירבו להתכחש לאמונתם עד הסוף. הוא נשרף חי. הכרוניקאי הישועי פרנסיסקו גראו, שכתב כדי לפאר את האאוטו-דה-פה, תיאר אותו כאיש עיקש שעמד בפני כל טיעוני התיאולוגים. בעיניים של היום זו דמותו של אדם שלא נכנע.
