Tot acusat prestava jurament abans de respondre. Era un tràmit: es jurava per Déu i sobre una creu.
El 9 d'agost de 1688, a l'audiència en què se li llegí l'acusació, Rafel Valls no ho féu. El secretari ho anotà amb exactitud: respongué «haviendo jurado por el Dios de Israel y ley de Moysés (no queriendo jurar por Dios, y una Cruz)». Davant els inquisidors, sense embuts, digué el que era.
Valls era l'home a qui la comunitat del carrer del Sagell acudia en qüestions de fe, el que havia organitzat el vaixell de la fugida de març. La seva dona, Isabel Bonnín, i els seus tres fills foren processats amb ell. Els fills sortiren reconciliats al primer acte de 1691; el major, Rafel Joaquim, amb una soga al coll, condemnat a dos-cents assots i set anys de galeres.
El 6 de maig de 1691 Rafel Valls fou un dels tres que es negaren a abjurar fins al final. El cremaren viu. El cronista jesuïta Francesc Garau, que escriví per celebrar aquells actes, el descriu com un home obstinat que resistí tots els arguments dels teòlegs. Llegit avui, és el retrat d'algú que no cedí.
